En esta región supo de las grandes riquezas que había en el Reino de Quitus. De
Jocay regresó a Charapotó y a Caráquez. El recorrido hacia el sur fue de
Caráquez a Charapotó, Jipijapa, Paján y Daule. En Jipijapa encontró gran
cantidad de oro y la calificaron como "el pueblo de oro". De allí pasaron a
Chonana y siguieron al oriente, descubrieron el río Daule y por él siguieron
hasta Guayaquil. Esta expedición dejó asolada la provincia, por los robos y
matanzas que hicieron.
Alvarado decidió penetrar en la selva, para subir a la
conquista del Reino de Quitus, pero antes de eso, en Paján, ordenó matar al
cacique de Manta, Lligua Tohallí, a quien tenía prisionero.
El 12 de marzo de
1535, Almagro ordenó a Francisco Pacheco fundar la ciudad de la Villa Nueva de
San Gregorio de Portoviejo. El primordial objetivo era pacificar la provincia y
tener un puerto seguro desde Manta, para proveerse de alimentos, agua, leña y
transportar las riquezas quiteñas hacia España.
La otra razón de haber
fundado Portoviejo tuvo fines militares, en prevención de futuras incursiones de
conquistadores europeos, y, sobre todo, para repeler las frecuentes y temibles
invasiones de los piratas y bucaneros de mar.
En 1541 fue incendiada la
ciudad, por el levantamiento de las tribus Pichota y Ríochico. Con ayuda y
protección del cacique Picoazá se fundó la ciudad seis leguas al interior.
En
1598 una terrible peste asoló la comarca: de ellos quedaron con vida muy pocos
españoles e indios, quienes huyeron a la selva, originando la comunidad de los
Yungas Mangaches.
En marzo de 1624 se terminó la construcción de un camino
desde Bahía hasta Quito; el viaje se lo hacía en 18 jornadas.
En el año de
1638 la provincia de Manabí fue saqueada, y quemados sus caseríos por los
piratas ingleses.
En 1735, Portoviejo conformaba una de las 7 Tenencias del
Corregimiento de Guayaquil, y se componía de seis parroquias: Montecristi,
Charapotó, Picoazá, Jipijapa, Pichota y Manta. En esa época Manabí trabajaba
para la agroexportación y la fabricación de barcos.